Po śmierci Stefana Batorego, królem polskim został Zygmunt III Waza. W momencie wstąpienia na tron był on zobligowany do zrealizowania osobistych zobowiązań, zwanych pakta conventa. Jeden z punktów, bardzo mocno drażniący Szwedów, dotyczył włączenia do państwa polsko-litewskiego Estonii, należącej do Szwecji. Było to dla nowego monarchy mocno niewygodne. Liczył bowiem, że po śmierci ojca zostanie wybrany także królem szwedzkim, dlatego unikał wywiązania się z tego zobowiązania. Jan III Waza zmarł w 1592 roku. Zygmunt III udał się do Szwecji, gdzie wziął udział w uroczystościach pogrzebowych ojca, a następnie został koronowany na króla szwedzkiego. Latem 1594 roku Zygmunt przekazał rządy w Szwecji stryjowi Karolowi Sudermańskiemu oraz Radzie Królestwa i powrócił do Polski. Jego pobyt nad Wisłą nadał królestwu szwedzkiemu piętno podrzędności, dlatego też poddani szwedzcy żądali przyjazdu króla. W 1598 roku Zygmunt III uczynił zadość ich oczekiwaniom. Zobligował się jednocześnie że powróci do Polski do 24 stycznia 1599 roku. Wraz z jego przyjazdem na terenie Szwecji doszło do działań zbrojnych pomiędzy zwolennikami króla a zwolennikami Karola Sudermańskiego. W ich wyniku Zygmunt III wycofał się do Polski, uznając tym samym, że doznał porażki. Postanowił szukać sojuszników do nowej walki, która miała być prowadzona pod hasłem obrony jego przyrodzonych praw, ustalonego porządku świata, przeciw zbuntowanym poddanym. 24 VII 1599 roku riksdag (parlament szwedzki) pozbawił Zygmunta korony i zaproponował ją królewiczowi Władysławowi, z zastrzeżeniem, że ten w ciągu 6 miesięcy przybędzie do Szwecji i zostanie wychowany w wierze luterańskiej. Wobec milczenia Zygmunta na początku 1600 roku pozbawiono całą „polską” linię Wazów praw do tronu szwedzkiego i ofiarowano je bratu króla, księciu Janowi. Gdy ten odmówił, wówczas tron oddano księciu Karolowi Sudermańskiemu, który panował jako Karol IX.
Jedną z reakcji Zygmunta III na pozbawienie go korony szwedzkiej było wykonanie zaległego zobowiązania wobec państwa polsko-litewskiego. 12 marca 1600 w czasie obrad sejmowych dokonał inkorporacji Estonii. Henryk Wisner zauważył, że wraz z tym posunięciem „Rzeczpospolita została zmuszona do obrony czy raczej do zdobywania obecnie już swojej prowincji. Nie zmienia to faktu, że wewnętrzny spór szwedzki przekształcił się w wojnę polsko-szwedzką, a przynajmniej dla części społeczeństwa szwedzkiego Zygmunt z władcy broniącego swoich praw stał się królem najezdniczego państwa”(Zygmunt III Waza, wyd. 1991, s. 80).
W zasobie Archiwum Głównego Akt Dawnych zachował się oryginalny pergaminowy dokument Zygmunta III z 12 marca 1600 roku, na mocy którego król włączył Estonię do państwa polsko-litewskiego. Dokument ten jest o tyle interesujący, że obok królewskiego podpisu uwierzytelniony został trzema pieczęciami: mniejszą koronną, mniejszą litewską i mniejszą szwedzką (secretum). Wojciech Krawczuk podkreśla rzecz charakterystyczną, że wśród licznych świadków wymienionych w tym dokumencie nie znalazł się żaden Szwed. Zygmunt III, by zaakcentować swoje pretensje do tronu szwedzkiego, używał jeszcze przez jakiś czas szwedzkiego secretum. „Fakt wtrącania się kancelarii szwedzkiej w sprawy Korony wzbudzał niezadowolenie szlachty. Znalazło to wyraz w ustawodawstwie. Wśród konstytucji sejmu 1607 roku znalazł się zapis o niewydawaniu przywilejów pod szwedzką pieczęcią i listów do miast portowych”(W. Krawczuk, Pieczęcie Zygmunta III, s. 14).
Warszawa, 12 marca 1600 r.
Zygmunt III, król polski, przyłącza do Polski Estonię; AGAD, Zbiór Dokumentów Pergaminowych, nr 4476
Pieczęć mniejsza koronna Zygmunta III Wazy przy dokumencie z 1600 roku.
Średnica: 51 mm; Legenda: SIGISMVNDVS . III . D : G : REX . POLONIAE . M : D : LIT : RVS : PRVS : MAS : SAM : LIV : NEC : N : REG : SVEC : P . HAERES ET . F
AGAD, Zbiór Dokumentów Pergaminowych, nr 4476
Pieczęć mniejsza litewska Zygmunta III Wazy przy dokumencie z 1600 roku.
Średnica: 43 mm; Legenda: SIGISMVNDVS. III. DEI. GRATIA. REX. POLONIAE. MAGNVS. DVX. LITVANIAE: RVS: PRVS. SAMOGITIAE. MASOVI: LIVONIAE. ETC. ETC:
AGAD, Zbiór Dokumentów Pergaminowych, nr 4476
Pieczęć mniejsza szwedzka (secretum) Zygmunta Wazy przy dokumencie z 1600 roku.
Średnica: 55 mm; Legenda: + SIGISMVNDVS: D: G: SVECORVM GOTHORVM: VANDALORVMQ &: NEC + NON + POLONIAE ETC REX
AGAD, Zbiór Dokumentów Pergaminowych, nr 4476