„Krzyżacy”, powieść Henryka Sienkiewicza kończy się słowami: „Maćko i Zbyszko wrócili do Bogdańca. Stary rycerz żył jeszcze długo, a Zbyszko doczekał się w zdrowiu i sile tej szczęsnej chwili, w której jedną bramą wyjeżdżał z Malborka ze łzami w oczach mistrz krzyżacki, drugą wjeżdżał na czele wojsk polski wojewoda, aby w imieniu króla i Królestwa objąć w posiadanie miasto i całą krainę aż po siwe fale Bałtyku”. Ta „szczęsna chwila” była następstwem podpisanego w 1466 roku II pokoju toruńskiego.
Traktat toruński, kończący trzynastoletnią wojnę z zakonem krzyżackim, został uzgodniony w wyniku trwających od 23 września 1466 r. rozmów delegacji polskiej i stanów pruskich z zakonem, przy pośrednictwie legata papieskiego Rudolfa z Rüdesheim. Pertraktacje pokojowe odbywały się w trzech namiotach pod zamkiem dybowskim. Delegacji polskiej przewodniczył biskup wrocławski Jakub z Sienna, a obok niego uczestniczyli: wojewoda kaliski Stanisław Ostroróg, marszałek koronny Jan Rytwiański, kasztelan kaliski Piotr Skóra z Gaju i sekretarz królewski Wincenty Kiełbasa oraz uczeni: doktor Jakub z Szadka i Jan Długosz. Stany pruskie reprezentowali: biskup warmiński Paweł Legendorf, gubernator Ścibor Bażyński, rycerze: Mikołaj von Pfeilsdorf (Pilewski) i Otton Machwicz oraz rajcy trzech wielkich miast: Gdańska, Torunia i Elbląga. 10 października przybył do Torunia wielki mistrz Ludwik von Erlichshausen w towarzystwie m. in. komtura Henryka Reuss von Plauena, Bernarda Szumborskiego, komtura ostródzkiego Wilhelma von Eppingena, Gerarda Malingrode, kanclerza Jana Winkelera i pisarza Stefana z Nidzicy. Ostateczne rozmowy prowadziła w Dworze Artusa komisja złożona z przedstawicieli króla i zakonu. W polskim zespole negocjacyjnym uczestniczyli: Jan Rytwiański, Wincenty Kiełbasa, Jakub z Szadka i Jan Długosz. Delegacji krzyżackiej przewodniczył komtur Henryk Plauen, a w jej skład wchodzili kanclerz Jan Winkeler i pisarz Stefan z Nidzicy. W obradach, którym przewodniczył legat papieski, uczestniczyli również przedstawiciele stanów pruskich.
Rezultatem tygodniowych obrad było opracowanie projektu traktatu, uzgodnionego ostatecznie 17 października. Uroczyste jego zaprzysiężenie nastąpić miało dopiero 19 października i dlatego tę datę umieszczono w sporządzonych aktach układu pokojowego.
W myśl postanowień traktatu: zakon ustępował Polsce ziemie chełmińską, michałowską i Pomorze Gdańskie oraz rezygnował z północno-zachodniej części Prus z Malborkiem i Elblągiem; wielki mistrz stawał się księciem i radcą senatorem Królestwa Polskiego, każdy nowo wybrany jego następca miał obowiązek składać przysięgę wierności królowi polskiemu; zakon został zobowiązany do pomocy zbrojnej przeciw wrogom Królestwa; z trzech biskupstw pruskich: chełmińskie wracało do Kościoła polskiego, warmińskie pozostawało pod protekcją króla polskiego, a pomezańskie otrzymywał w dożywotnią administrację sekretarz królewski Wincenty Kiełbasa. Dokument regulował sprawę uwolnienia jeńców oraz wymiany zamków i miast. Zakon zwracał Polsce: Sztum, Nowe Miasto nad Drwęcą, Bratian, Chełmno, Brodnicę, Dzierzgoń, a otrzymywał: Pasłęk, Pasym, Nidzicę i Młynary. Stany Pruskie miały złożyć przysięgę na zachowanie pokoju. Uroczystości związane z przyjęciem traktatu odbyły się 19 października 1466 r. w sali toruńskiego Dworu Artusa, dokąd przybyli rano król z doradcami oraz posłami książąt mazowieckich i legat z delegacją krzyżacką. Rudolf z Rüdesheim odczytał tekst traktatu po niemiecku, a Wincenty Kiełbasa po polsku. Następnie król złożył na ręce legata przysięgę na warunki traktatu, a po nim na klęczkach wielki mistrz, wedle ustalonej formuły, stając się od tej pory księciem senatorem królewskim. Przysięgę wobec legata papieskiego złożyli również doradcy króla i wielkiego mistrza.
Akt traktatu został przez obie strony opieczętowany (tylko dokumenty wstępne, których nastąpiła wówczas wymiana) oraz podpisany przez legata i notariuszy: Jana Ewicha z Attendorn, Stanisława Frankego z Redkowic oraz Pawła z Jeżowa. Uroczystość zakończyła się odśpiewaniem Te Deum w kościele franciszkańskim Najświętszej Marii Panny, nabożeństwem odprawionym przez legata oraz ucztą wydaną przez króla na ratuszu, także z udziałem wielkiego mistrza i delegacji krzyżackiej. Postanowienia traktatu toruńskiego stanowiły wyraźne pomniejszenie aktu inkorporacyjnego, pozostawiając zakon w części wschodniej ze stolicą w Królewcu, jako nadal groźne ognisko powikłań nad Bałtykiem. Także konieczność potwierdzenia traktatu przez papiestwo utrzymywało nadal formalne zwierzchnictwo kurii rzymskiej nad Prusami. Dlatego dzieło drugiego pokoju toruńskiego okazało się najtrwalsze w odniesieniu do prawnej akceptacji przynależności do Polski Pomorza Gdańskiego, ziemi chełmińskiej i Powiśla, które w sposób nienaruszony zostały złączone z Koroną na przeszło trzy stulecia. Wojna trzynastoletnia została uznana za ważną cezurę w dziejach Polski. Jerzy Wyrozumski spuentował to następująco: „w splocie wydarzeń tej wojny wykształciły się zręby polskiego parlamentaryzmu i rzeczypospolitej szlacheckiej, zawiązki zaciężnej armii i floty wojennej, a w jej rezultacie Polska odzyskała Pomorze Gdańskie wraz z dostępem do morza, ziemię chełmińską i michałowską; inkorporowała do swej państwowości Warmię i narzuciła swą zwierzchność państwu krzyżackiemu”.
Prezentowany poniżej dokument główny II pokoju toruńskiego przechowywany jest w zasobie Archiwum Głównego Akt Dawnych (Zbiór Dokumentów Pergaminowych, sygn. 1140). Sporządzono go na pergaminie w formie składki złożonej z 4 bifoliów, które tworzą 8 kart. Na końcu widnieje formuła uwierzytelniająca Rudolfa z Rüdesheim i jego podpis oraz znak notarialny Jana Ewig z Attendorn. Przy dokumencie zachowały się 53 pieczęcie uwierzytelniające (pierwotnie było ich 114). Wedle ustaleń badaczy został on przekazany stronie polskiej najprawdopodobniej podczas zjazdu w Elblągu 7 sierpnia 1467 r. Na mocy artykułu 29 traktatu krakowskiego z 1525 r. został oddany królowi Zygmuntowi I i trafił do Archiwum Koronnego. Podczas prac inwentaryzacyjnych 1569/70 roku dokonano jego bardzo dokładnego opisu, który zachował się do dziś. 10 pierwszych linijek tego opisu skreślił własnoręcznie Jan Zamoyski, ówczesny sekretarz królewski. Po upadku państwa polskiego dyplom ten wraz z innymi dokumentami dotyczącymi traktatów polsko-krzyżackich wszedł do zasobu Archiwum Ogólnego Krajowego, którego bezpośrednim sukcesorem jest Archiwum Główne Akt Dawnych. Dokumenty te szczęśliwie przetrwały działania II wojny światowej i obecnie są dostępne dla badaczy. W 2020 roku dokument główny został zdigitalizowany, a jego skany umieszczono na portalu Szukaj w Archiwach.
Fragment inwentarza dokumentów krakowskiej części Archiwum Koronnego - opis traktatu toruńskiego z 1466 r. (10 pierwszych linijek ręką Jana Zamoyskiego); AGAD, Archiwum Zamoyskich, sygn. 34